На планете Земля мало мест, где существует такое видовое разнообразие животных и растений, как в Индонезии. На отдельных островах Малайского архипелага до сих пор сохраняется слабое воздействие современной цивилизации на природные комплексы. Для сохранения естественной среды многочисленных островов в стране созданы национальные парки. В природоохранных зонах Молуккских островов и Новой Гвинеи туристы смогут наблюдать валлаби, кенгуру дингисо, кускуса, лесного кота, австралийскую ехидну, крокодилов, лори, лобстеров и крабов. В тропических лесах обитает разнообразное сообщество птиц: казуары, голуби, утки, райские птицы, какаду и другие виды попугаев.

Национальный парк Лоренц (Taman Nasional Lorentz) располагается в индонезийской провинции Папуа. Это самая большая природоохранная территория в Юго-Восточной Азии.

Парк занимает площадь в 25 056 кв. км. Лоренц является выдающимся образцом биологического разнообразия Новой Гвинеи. Такой заповедник единственный в азиатском тихоокеанском регионе, который включает в себя полновысотный массив экосистем, охватывающих мангры, приморские районы, болота, горные тропические леса, низменности, ледники и альпийский пояс. Гора Пунчак-Джая, расположенная на территории национального парка, представляет самую высокую вершину между Гималаями и Андами, ее высота составляет 4884 метра над уровнем моря.

На территории парка Лоренц существует множество еще неисследованных и, как следствие, ненанесенных на географическую карту районов. Вероятно, здесь имеется также множество видов животных и растений до сих пор неизвестных и неизученных западной наукой. А этнозоологические и этноботанические познания местных сообществ также очень плохо задокументированы.

Еще в 1919 году голландское колониальное правительство впервые применило формальную защиту территории в три тысячи квадратных километра ландшафта Лоренца установлением Природного памятника Лоренц. Индонезийское правительство в 1978 году организовало заповедник, имеющий площадь 21 500 кв. км. В 1997 году был провозглашен Национальный парк Лоренц с площадью в 25 056 кв. км, куда дополнительно  вошли  восточные  территории,  прибрежные  и  морские  районы.  В 1999 году Национальный парк Лоренц был занесен в список объектов всемирного наследия, за исключением территории площадью 1500 кв. км из-за геологоразведочной собственности, которая располагалась на ней. Национальный парк носит название в честь голландского исследователя Хендрика Лоренца, проходившего через эти места вовремя своей экспедиции 1909 – 10 годов.

В 2005 году заповедник не содержал собственный штат сотрудников и охранников. Несмотря на это, здесь велась деятельность нескольких различных природоохранных организаций. Министром лесного хозяйства государства в 2006 году была организована управляющая компания парка, имеющая штаб-квартиру в Вамене. В 2007 году организация начала свою деятельность, а к середине 2008 года штат ее сотрудников достигал более сорока человек. Однако, мониторинг, проведённый в 2008 году ЮНЕСКО, признавал, что потенциал организации значительно ограничен в связи с недостаточным финансированием, а также нехваткой оборудования и опыта.

В парке представлены около 123-х видов млекопитающих и более 630 видов птиц – это около 70 % всех видов Папуа. Пернатые включают в себя два вида казуаров, 31 вид какаду, 31 вид голубей, 29 видов нектарницевых и 13 видов зимородковых. В список птиц, находящихся под угрозой исчезновения, включены полосатая утка, шлемоносный казуар, каштановогрудый венценосный голубь, орлиный попугай.

Млекопитающие представлены такими видами как австралийская ехидна, проехидна, валлаби, лесной кот, кускусы, древесный валлаби и другие. Только в 1995 году западной наукой был открыт вид древесных кенгуру дингисо эндемичный для горного хребта Судирман.

На протяжении более чем 25 тысяч лет территория национального парка заселена человеком. Леса Лоренца служат традиционной территорией проживания восьми племён, в числе которых дани, асмат, амунгме, ндуга, семпан. Численность современного населения в парке оценивают от 6,3 тысяч до 10 тысяч человек.

Национальный парк Манусе́ла (Taman Nasional Manusela) расположен на острове Серам. В территорию парка включены прибрежные леса, горные леса, низменности, лесные болота. Площадь – 1890 кв. км. Наивысшей точкой является гора Биная, имеющая высоту 3027 метров. Мануселу отличает высокая степень эндемичности птиц.

На местном языке слово «манусела» означает «птица свободы». В парке находится четыре деревни: Манусела, Канике, Селумена, Иллена Марайна.

В парке произрастают авиценния, Dryobalanops, пандан, индийский миндаль, Alstonia scholaris, Shorea selanica, кайюпутовое дерево, Pometia pinnata и множество видов орхидей.

В национальном парке обитает 117 видов птиц, из которых 14 являются эндемиками, в их числе пурпурношапочный широкохвостый лори, благородный зелёно-красный попугай, молуккский какаду, каколийская белоглазка, священная альциона, амбоинский королевский попугай и другие.

С 1972 года в центральной части острова Серам два участка определили в качестве природных заповедников:  Вае  Муал  площадью 17,5 тысяч гектар и Вае Нуа площадью 20 тысяч гектар. После проведённых в 1978 году исследований были внесены рекомендации объединить оба заповедника в единый. В 1997 году был создан Национальный парк Манусела на площади 1890 кв. км, это составляет 11% от площади всего острова.

Главные проблемы парка связаны с обезлесиванием, вызываемыми чаще всего незаконными вырубками. Следующей серьезной проблемой является незаконная торговля птицами, в особенности молуккскими какаду. Эти птицы сейчас находятся под опасной угрозой исчезновения вследствие охоты на них или разрушения мест их обитания. На сегодняшний день парк остаётся единой областью, защищаемой в её ареале.

Национальный парк Васур (Taman Nasional Wasur) объединяет части самых значительных водно-болотных угодий провинции Папуа. За довольно высокий уровень биологического разнообразия национальный парк называют «Серенгети Папуа». На этой парковой территории природа наименее повреждена человеческой деятельностью.

Почти 70 % площадей парка составляют саванны, остальная растительность представлена травянистыми равнинами, заболоченными, бамбуковыми, муссонными и прибрежными лесами, зарослями саговой пальмы.

В парке обрели свой дом множество видов птиц (точнее более 358 видов), из них восемьдесят видов являются эндемиками для острова Новая Гвинея. Также высокий уровень биологического разнообразия рыб, в природоохранном регионе их встречается более 111 видов. Васур служит местом обитания всевозможных видов крабов и лобстеров.

Для заповедника характерны такие виды животных, как шлемоносный казуар, прыткий валлаби, большая райская птица, щетинкоголовый попугай, западный венценосный голубь, красная райская птица, королевская райская птица, гребнистый крокодил, пресноводный крокодил.

В 1978 году территория Васура была первоначально объявлена заповедником с площадью 2,1 тысячи кв. км. В 1990 году статус национального парк получил на площади, расширенной до 4,138 тысяч кв. км. Национальный парк Васур в 2006 году был объявлен водно-болотными угодьями международной важности по Рамсарской конвенции.